
האירועים הדרמטיים, שהתחוללו בימים הראשונים לכיבוש הגרמני, בקיץ 1941, במתחם בית הסוהר, היה אות ראשון ואזהרה לגבי העתיד להתרחש. בית-הסוהר הפך מקום נורא בפרק שואת יהודי צ'ורטקוב: בארבעת הימים, שבין נסיגת הרוסים מצ'ורטקוב ב- 2.7.1941 , ועד כניסת הגרמנים ב- 6.7.1941 , נרצחו על ידי הרוסים, בתוך תאי בית הסוהר, אוקראינים, פולנים ויהודים. מספרם נאמד כ- 600 איש. הם נרצחים על ידי הרוסים הנסוגים בעילת התנגדות למשטר ואלה לא רצו ש"הבוגדים" יצאו לחופשי. הגופות נשארו בתאים במשך ימים והחלו להעלות ריחות קשים.
מתוך עדותם של בני משפחת ורטנפלד:
"בינתיים גילה הצבא הגרמני בחצר בית הסוהר גוויות של אנשים שנורו על ידי הרוסים בעת נסיגתם. חיילים חמושים של ה"וורמכט" בלוית פורעים אוקראינים התחילו להתפרץ לבתי יהודים וסחבו את היהודים לחפור ולהוציא את הגוויות מהמרתפים והבורות.
היהודים נאלצו לחפור בידיהם ובשעל מעשה הוכו באכזריות רבה. בין אלו שעונו בפעולה זו היה גם אבי ז"ל. בשעת החפירה רכב אספסוף על הגדרות מסביב ובצעקות "מוות ליהודים" עודדו את המענים האוקראינים. בשעות מאוחרות של הלילה חזרו היהודים לבתיהם פצועים וזבי דם. ב-14 ביולי הופיעה יחידה של אס. אס. שתפסה כ-130 איש ל"עבודה", אולם כלאו אותם בבית הסוהר, עינו אותם באכזריות רבה, אילצו אותם לזחול על ארבע, לרקוד ולשיר על שברי זכוכיות ולבסוף הרגו את כולם. … כעבור ימים ספורים לפנות ערב, שמענו יריות והתברר לנו שהאוקראינים ארגנו פרובוקציה וטענו שהיהודים ירו על הצבא הגרמני. המשטרה האוקראינית פרצה לביתו של ברגהופר והוציאה אותו יחד עם בנו. כן הוציאו את יורמן, ד"ר פרנקל , את משפחת פצ'ניק ועוד, בסך הכול כ-17 גברים. הם נורו בבית הסוהר בתואנה שירו על הצבא הגרמני". הטבח ביהודים נמשך מספר ימים ומספרם היגיע למאות.. אירוע זה היה הראשון ואות לבאות.
יהודית שיפריס מספרת שבתקופת הביניים הזו, כשהתרחשו הארועים הנוראים בבית הסוהר, משפחתה גרה ברחוב שפיטלנה בבית סמוך לבית פלשובה. באותו יום בו התרחשו הזוועות בבית הסוהר, או למחרת, היא ראתה את אשתו של ע"וד קרול ברנקלאו, כשהיא פצועה וחבולה ועם שטפי דם ומכות כחולות בכל הגוף. המראה שלה היה מזעזע".
על בית הסוהר, יהודית שיפריס מספרת עוד: "ברחבה שלפני בית הסוהר ישבו גרמנים ליד שולחן וחתמו על כרטיסי עבודה. היא הייתה בין הבאים לקבל אישור עבודה. אישור כזה היה ההבדל בין חיים למוות. מי שקיבל אישור פירושו שהוא נחוץ והוא אישור לחיים. מי שלא קיבל אישור עבודה נשלח למחנה ההשמדה בלזץ.
יצחק שלו נתפס עם אחותו בדירתם באקצייה השנייה. הם הובלו לבית הסוהר, שני ילדים צעירים, ישבו יחד וחיכו עם עוד חמש מאות איש בחצר בית הסוהר. אחרי מספר ימיםי הם הובלו לתחנת הרכבת ומשם למחנה ההשמדה בלזץ. אחותו של איציק נרצחה בבלזץ ואילו יצחק שהיה בקרון אחר, הצליח לקפוץ מחלון שנפרץ בתקרת הרכבת ע"י גברים חסונים שהיו אתו בקרון, קם והלך לבדו את כל הדרך חזרה לצ'ורטקוב. מבית הסוהר נשלחו יהודים למחנות עבודה באזור צ'ורטקוב ורבים מהם מתו בהם מרעב מחלות עבודה קשה ואקציות.

from: "Darkness and Hope," pp. 58-62, by Sam Halpern
..One of the policemen told me that we were headed to Chortkow, a town about twenty five kilometers away, although he wouldn't say why. Nor would he tell us our exact destination
All along the way, men tried to escape. Each one was caught and brutally beaten by the Ukrainian police. We had been rounded up at nine o'clock in the morning, and by the time we reached Chortkow it was evening. We had spent the entire day walking in the bitter snow without food or rest. Everyone was thoroughly exhausted.
We were taken to a jailhouse. There we had to pass through a receiving line of SS soldiers and Ukrainian police, each with a rifle or stick, each waiting for a turn to hit a Jew on the head. There were about eighty of them, and it took a long time for a Jew to make his way through the line, being clobbered by everyone. If you were by chance hit on the neck or chest and not on your head, you had to go back and give the soldier another chance to "get it right."
Like everyone else, I tried to shield my face and head and lessen the force of the blows by jerking my head away a little, but this had to be done carefully; otherwise I would have had to return to the beginning of the line, and the second time I would surely have been hit even harder and more frequently. My technique seemed to make no difference, and by the time I got into the jail cell, I was bruised, cut, and bleeding. I wondered if the Germans intended to kill us or were just having fun.
After the ordeal, I was herded into a small jail cell packed with about sixty men. There was no room to sit down, let alone lie down. We had to stand, crushed one against the other, bleeding and in pain, frightened and hungry. All told, there were some five hundred men from the entire vicinity in the jailhouse, with every cell packed as tightly as ours.
We stood packed together like that all night, and in the morning we were sure we would be let out a little and given some food, but we were wrong. Nothing changed. The entire second day and night we stood, jammed together, hungry beyond belief. On the third day, we began to talk about how the Germans meant to kill us. One way or another, from starvation or lack of oxygen, we thought we would die locked up like this.
Many of the men began to recite Shma Yisrael, a prayer Jews are commanded to say, when possible, before death. Just then the Germans opened the door to the cell and took us out. Everyone stretched his limbs and gulped the fresh air. Although we were still starving and parched with thirst, the freedom from being pressed up against other bodies on all sides felt wonderful. Then one German began to toss pieces of bread at us, like one would throw scraps to a dog from the dinner table. Men hurled themselves at the bread, like animals, and stuffed it into their mouths before anyone else could steal it. A tub was filled with water, and we all drank from it, like cattle at a trough. But no sooner than we began lapping the water, a German came over and started beating us, yelling: "Let's go, let's go." They permitted us just one sip of water after three days of extreme thirst, and then administered more beatings. I will never forget the sight of this tub and men bending over to drink.
We were made to run from the jailhouse to a railroad station about a kilometer away. All along the way the German soldiers were free with their clubs and boots. At any moment one could be felled by a blow to the neck or a kick in the side, so despite our weakened state, we ran as fast as we could. When we got to the train station, we saw cattle cars on the tracks. There were no steps or ramps leading to the doors, so the SS officers beat the people at the front yelling, "Crouch down, crouch down," to get them down on all fours and form human steps for the rest of the crowd behind them to climb.
Once the human staircases were made, the Germans yelled and clubbed the rest of us to hurry into the cars. They were beating us so hard and their voices sounded so vicious that we had no choice but to obey. Painfully, we were forced to step on our brethren and climb into the train. The groans and cries from the men on the ground were nearly drowned out by the screaming of the SS and the cracking whips.
It took quite a while to fill the cattle cars. We were packed in tight, much as we had been in the jail cell, and all the while we were being beaten and clubbed by the Germans. About 120 men were squeezed into each car, the only improvement over the jail being that there was enough room for two men at a time to sit down and take a rest.
When the Germans were satisfied that enough of us had been packed into each car, they threw in some bread and swung the doors shut. I heard them lock us in from the outside. In my town at that time, we had not heard of the death camps of Auschwitz or Majdanek, nor did we know of the "Final Solution." We knew the Germans intended to use Jews as work horses, but we were unaware of plans for extermination.