
המבנה נהרס בתקופת המלחמה. בית הספר היה באזור רחבת העירייה כיום ליד הפסל.
הגימנסיה היהודית הוקמה בשנת 1937 בעקבות דחיקת רגליהם של התלמידים היהודים מהגימנסיה הפולנית. השלכות ה-"נומרוס קלאוזוס" הלכו והחריפו. פרידה גייזלר כתבה בספר צ'ורטקוב, שהגזירה על צמצום נוכחותם של התלמידים היהודים בגימנסיה נפלה באופן פתאומי בקיץ 1936 שלפני שנת הלימודים. תלמידה פולנייה שנכשלה בבחינות, פנתה למשרד החינוך בטענה שלא התקבלה ללימודים בגלל המספר הרב של היהודיות שהתקבלו. באותו קיץ תלמידים יהודים קבלו הודעה על דחייתם מסיבות שאינן תלויות בגימנסיה.
לכן, מספר יהודים בצ'ורטקוב ביניהם עו"ד ישראל וינטר וד"ר ישראל שור יזמו פתיחת גימנסיה יהודית. ב1937- החל ללמוד המחזור הראשון כשלאחריו, בשנת 1938 הגימנסיה כבר קיבלה הכרה ואישורים מהשלטונות הפולנים. לתלמידי הגימנסיה הייתה תלבושת ממלכתית עם סמל 691 על הזרוע, ברט כחול לבנים ולבנות וחצאיות פליסה כחולות, חולצות עם צווארון מלחים עם פסים לבנים לבנות. אט אט בית הספר רכש ציוד למעבדות- הפסיקה והביולוגיה ומפות ללימודי הגאוגרפיה וההיסטוריה.
הגימנסיה הלכה והתבססה, גויסו מורים מעולים והתלמידים ראו בלימודיהם זכות גדולה והשקיעו מאמץ להוכיח כי הם ראוים להשקעה הרבה שמשקיעים בהם. רמתה הגבוהה של הגימנסיה היהודית עשתה כנפיים, ותלמידים יהודיים מעיירות הסביבה ביקשו והגיעו ללמוד בה. בשנה הראשונה למדו בחדר שכור בו למדו 24 תלמידים. בשנת הלימודים השנייה הגימנסיה היהודית עברה לבניין מתאים שהיה בעבר ביתו של קצין המחוז. כל הרחובות באזור הגימנסיה היהודית נמחו ומה שנותר פחות או יותר במקום שהיום נמצאת בו רחבת העירייה. (ליד הפסל של צ'ווצ'נקו)
עם הכיבוש הרוסי בקיץ 1939 , שונו פני הגימנסיה והלימודים היו באידיש וחלק מהתלמידים נעדרו בשל חרמות, הצקות ואיומים מצד השלטונות החדשים על משפחות הסוחרים, שנאלצו לעזוב את העיר.
עם כניסת הגרמנים לצ'ורטקוב בקיץ 1941, הורד המסך על הגימנסיה היהודית לעולמים. רוב המורים נרצחו ב"אקצית האינטליגנציה" והתלמידים נלקחו לגטאות ולמחנות עבודה. רובם נרצחו.